NOUVELLES DISPOSITIONS EN MATIÈRE DE CONGÉS POUR RAISON DE SANTÉ ET DE TEMPS PARTIEL THÉRAPEUTIQUE.

Un nouveau décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires a été publié au Journal officiel le 31 juillet 2026.

Il vient notamment transposer aux fonctionnaires et agents contractuels des trois versants de la fonction publique un certain nombre de mesures applicables aux salariés en arrêt pour raisons médicales depuis la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 :

• utilisation du certificat d’arrêt de travail sécurisé : un arrêt de travail pourra être accordé lorsque l’agent produira le formulaire Cerfa sécurisé que chaque prescripteur doit dorénavant établir ;
• l'avis d'arrêt de travail peut être dématérialisé ;
• plafonnement de la durée des arrêts : la durée de la prescription d’arrêt sera plafonnée à un mois pour un premier arrêt, puis deux mois pour une prolongation. Des dérogations seront possibles pour le prescripteur, au vu de la situation médicale de l’agent ;
• maintien de la rémunération : le maintien de rémunération pendant l’arrêt sera poursuivi uniquement lorsque l’arrêt aura été prolongé par le prescripteur initial (sauf indisponibilité de ce prescripteur ou impossibilité d’y recourir) ;
• obligations renforcées des agents en arrêt et des modalités de contrôle : les employeurs pourront diligenter des contrôles de présence au domicile lorsque la prescription médicale sera assortie d’une telle obligation et la rémunération de l’agent pourra être suspendue en cas de refus ou d’absence injustifiée. A terme, les médecins agréés pourront proposer aux agents concernés d’effectuer certains contrôles médicaux à distance, et ainsi garantir un suivi sans délai de leur situation ;
• suppression de la consultation du conseil médical pour le renouvellement d'un CLM ou d'un CLD après épuisement du plein traitement ;
• suppression de la possibilité de contester l’avis du conseil médical, saisi en contestation des conclusions rendues par un médecin agréé, devant le conseil médical supérieur lorsque cet avis est conforme aux conclusions du médecin agréé ;
• le CLM, le CGM et le CLD peuvent être accordés ou renouvelés par périodes d’une durée maximale de 6 mois (auparavant entre 3 et 6 mois) ;
• l’agent en CMO doit par principe cesser toute activité rémunérée, par analogie avec ce qui était déjà prévu pour les CLM, CLD et CITIS ;

Ces dispositions entrent en vigueur le 1er septembre 2026.

Le décret apporte également des modifications concernant le temps partiel thérapeutique, applicables à compter du 1er août 2026. Pour toute demande de TPT à compter de cette date :

•  l’employeur disposera d’un délai maximal de trente jours à compter de la réception de la demande pour statuer sur celle-ci. En revanche, dans les cas d’une reprise d’activité après un congé maladie long, la mise en place du TPT se fera sans délai ;
• l’employeur devra solliciter l’avis d’un médecin agréé s’il envisage de refuser une demande d’autorisation pour raison médicale ;
• il pourra également refuser cette demande pour des nécessités liées au fonctionnement du service, mais ne pourra le faire qu’après un entretien avec l’agent concerné et son refus devra être motivé ;
• le TPT pourra être prescrit pour une durée pouvant aller jusqu’à 1 an sans périodicité obligatoire ;
• un contrôle médical pourra être demandé par l’employeur à tout moment, lors de l’octroi du TPT, de son renouvellement ou en cours de TPT. Si l’agent refuse ce contrôle ou est absent sans justification lors de ce contrôle, le TPT sera refusé ou il sera mis fin au TPT en cours ;
• les conclusions rendues par le médecin agréé (dans le cadre d’un examen à tout moment ou dans le cadre d’un refus du TPT fondé sur un motif médical) peuvent être contestées devant le conseil médical siégeant en formation restreinte par le fonctionnaire ou l’autorité territoriale. Dans le cas où le fonctionnaire bénéficie d’une autorisation de servir à TPT au moment de la saisine du conseil médical, cette autorisation est prolongée jusqu’à ce que le conseil médical ait rendu son avis ;
• suppression de l’examen obligatoire auprès du médecin agréé pour la prolongation de l’autorisation d’accomplir un service à TPT au-delà d’une période totale de 3 mois.